La cripta, que ocupa desde luego un lugar central en esta ruta, se extiende por debajo del suelo de la Basílica de San Pedro donde alrededor de 100 papas fueron enterrados y entre ellos Juan Pablo II. Este lugar sagrado que induce a la contemplación está considerado por la mayoría de los visitantes como un sitio tranquilo, a pesar del ruido producido por miles de personas desde arriba que vociferan en la Basílica y en los Museos.

La basílica actual fue construida entre 1506 y 1626 (diseñada en parte por el genio Miguel Ángel), pero se dice que en la demolición de la antigua basílica, que había existido desde que el Imperio Romano abrazó el Cristianismo en el siglo cuarto, se destruyeron unos 150 sepulcros.